1. 测序深度需要达到多少？

当测序深度为6×时，对目标区域的覆盖度可达90%，深度为20×时，reads对外显子区域的覆盖已接近饱和。此时再提高测序深度，对覆盖度的贡献极小，但是能够增加检测SNPs准确性和发现潜在稀有致病变异位点。所以可根据实验的目标和经费选择合适的测序深度。

2. 能否只对基因组上某段特定区域进行测序呢？

可制定感兴趣基因组区域的探针，富集目标基因区域的DNA后再利用新一代测序技术平台测序。

3. 与全基因组测序相比，外显子测序有哪些优势和不足？

与全基因组测序相比，外显子测序具有测序覆盖度更深、数据准确性更高、花费成本更低等优势。结合公共数据库提供的大量外显子的数据，测序数据能更好的解释研究的结果。其不足之处是只能获得外显子区域内部或边界的变异信息，不能检测到基因组内较大的结构性变异。

4. 与转录组测序相比，外显子测序有什么不同？

外显子测序和转录组测序都是针对基因组上的转录区域进行测序，但是前者只能对已知基因组序列信息的物种进行测序，而后者却不限于此。

因此，两者在分析上也存在一定的差异：

① 分析的目标区域有所不同。外显子测序只能分析基因组上的已知编码区，而转录组测序不仅能对已知编码区进行分析，也能检测Non coding RNA 等转录组信息。

② 分析的手段有所不同。外显子测序只需将测序数据比对到基因组上，分析序列的差异，而转录组测序既可以进行mapping，也可以进行从头拼接。

③ 获得的结果有所不同。外显子测序通过比对，可以获得已知序列的变异信息，而转录组测序不仅能够获得变异信息，还能进行新的转录本的检测、mRNA的可变剪接检测、表达谱分析等。